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在肺癌的治療領(lǐng)域，EGFR（表皮生長因子受體）突變型肺癌一直是研究的重點(diǎn)。在歐洲和北美，大約 10% 的肺腺癌患者存在 EGFR 激活突變，而在東亞，這一比例更是高達(dá) 50 - 60%。這些突變，尤其是 EGFR 外顯子 19 缺失（ex19del）和外顯子 21 的 L858R 突變，能讓患者對(duì) EGFR 酪氨酸激酶抑制劑（TKIs）更為敏感，從而改善治療效果。然而，腫瘤就像一個(gè)狡猾的敵人，會(huì)逐漸產(chǎn)生耐藥性。常見的耐藥機(jī)制包括出現(xiàn)二次 EGFR 突變、EGFR 下游或替代通路發(fā)生改變，甚至轉(zhuǎn)變?yōu)樾〖?xì)胞肺癌（SCLC） 。更讓人頭疼的是，在接受 TKI 治療時(shí)，偶爾還會(huì)出現(xiàn)突變 EGFR 缺失的情況。

與此同時(shí)，免疫治療在肺癌治療中也逐漸嶄露頭角，但目前在 EGFR 突變型肺癌中，免疫檢查點(diǎn)阻斷療法在 TKI 治療失敗前使用的效果并不理想。這主要是因?yàn)檫@類肺癌的腫瘤突變負(fù)荷（TMB）較低，免疫細(xì)胞浸潤減少，浸潤 T 細(xì)胞的克隆擴(kuò)增也受到抑制。不過，新的治療方法，如個(gè)性化嵌合抗原受體 T 細(xì)胞療法和疫苗，正處于探索階段。其中，克隆性新抗原被認(rèn)為是比亞克隆性新抗原更優(yōu)越的免疫治療靶點(diǎn)。但目前對(duì)于如何在治療過程中更好地利用這些靶點(diǎn)，以及如何應(yīng)對(duì)免疫逃逸等問題，仍然知之甚少。

為了深入了解這些難題，研究人員在《Nature》雜志上發(fā)表了題為 “Clonal driver neoantigen loss under EGFR TKI and immune selection pressures” 的論文。他們通過研究，發(fā)現(xiàn)了一些關(guān)鍵信息，為肺癌治療提供了新的思路。

研究人員在這項(xiàng)研究中主要運(yùn)用了以下幾種關(guān)鍵技術(shù)方法：首先是全外顯子測(cè)序（WES）技術(shù)，利用它來分析腫瘤樣本的基因突變情況，了解腫瘤的遺傳信息；其次是循環(huán)腫瘤 DNA（ctDNA）分析技術(shù)，通過檢測(cè)血液中的 ctDNA，追蹤腫瘤的克隆動(dòng)態(tài)變化；此外，還運(yùn)用了免疫分析技術(shù)，如 Granzyme B（GZMB）和干擾素 -γ（IFNγ）回憶反應(yīng)檢測(cè)、突變相關(guān)新抗原特異性 T 細(xì)胞功能擴(kuò)展（MANAFEST）檢測(cè)等，來評(píng)估免疫系統(tǒng)對(duì)腫瘤的反應(yīng)。

腫瘤在治療過程中的演變

研究人員對(duì)一位 44 歲女性肺腺癌患者進(jìn)行了跟蹤研究。這位患者確診時(shí)患有 III B 期低分化肺腺癌，且存在 EGFR ex19del 激活突變。她先后接受了新輔助化療、放療、手術(shù)以及多種靶向治療和疫苗治療。研究人員對(duì)患者不同階段的腫瘤樣本進(jìn)行了 WES 分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，腫瘤發(fā)生了克隆性全基因組加倍（WGD）事件。像 TP53、EFEMP2、TESK2 和 STMN3 等疫苗靶向的克隆性突變，大多發(fā)生在 WGD 之前；而 KIAA1522、FANCF、PRPF39 和 STK38 等突變則發(fā)生在 WGD 之后。有趣的是，EGFR ex19del 突變雖然是克隆性的，但也可能發(fā)生在 WGD 之后。通過分析還發(fā)現(xiàn)，患者的腫瘤轉(zhuǎn)移灶有著不同的起源，如鎖骨上淋巴結(jié)、右肺上葉（RUL）轉(zhuǎn)移灶、發(fā)生 SCLC 轉(zhuǎn)化的肝轉(zhuǎn)移灶和縱隔腫塊，它們都起源于一個(gè) RB1 缺失的亞克隆。而且，研究人員還推斷出 EGFR ex19del 存在兩次單獨(dú)的擴(kuò)增事件，并且在肝轉(zhuǎn)移灶中，由于染色體不穩(wěn)定，導(dǎo)致了 EGFR ex19del 突變的丟失。

利用 ctDNA 追蹤克隆動(dòng)態(tài)

在患者治療過程中，當(dāng)無法獲取腫瘤組織樣本時(shí)，研究人員就用 ctDNA 作為替代。在患者使用奧希替尼治療進(jìn)展時(shí)，通過 ctDNA 分析，并沒有發(fā)現(xiàn)明確的耐藥機(jī)制。不過，研究人員追蹤了 467 個(gè)體細(xì)胞變異，發(fā)現(xiàn)早在患者開始疫苗治療前，血漿中就已經(jīng)出現(xiàn)了丟失 EGFR ex19del 的克隆，并且在后續(xù)治療過程中，這個(gè)克隆還在不斷擴(kuò)大。這表明，奧希替尼和（或）預(yù)先存在的 T 細(xì)胞免疫可能在選擇這個(gè)耐藥亞克隆的過程中發(fā)揮了作用。

T 細(xì)胞對(duì)疫苗治療的反應(yīng)

為了探究疫苗治療的效果，研究人員分析了患者對(duì)疫苗新肽的全身 T 細(xì)胞反應(yīng)。通過 GZMB 和 IFNγ 回憶反應(yīng)檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，患者對(duì)疫苗中的 4 種新肽產(chǎn)生了顯著的 GZMB 反應(yīng)，其中 EGFR ex19del 引發(fā)的反應(yīng)最為強(qiáng)烈。進(jìn)一步通過 MANAFEST 檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，疫苗可能引發(fā)了新的 EGFR ex19del 特異性 T 細(xì)胞受體（TCR）克隆，同時(shí)通過表位擴(kuò)散誘導(dǎo)了 T790M 特異性 TCR 的產(chǎn)生。這說明疫苗確實(shí)激發(fā)了患者的免疫系統(tǒng)，讓 T 細(xì)胞對(duì)腫瘤相關(guān)抗原產(chǎn)生了反應(yīng)。

耐藥時(shí)靶向新抗原的丟失

在經(jīng)過放療、奧希替尼和疫苗治療后，出現(xiàn)的耐藥性肝轉(zhuǎn)移灶中，有 5 種疫苗靶向突變消失了，而這些突變都發(fā)生在 WGD 之后。相比之下，WGD 之前的疫苗靶向突變則都還存在。這表明，WGD 之后的突變更容易因?yàn)槿旧w不穩(wěn)定或腫瘤異質(zhì)性而丟失，所以 WGD 之前的突變可能是更可靠的治療靶點(diǎn)。

探索免疫失敗的機(jī)制

盡管患者的免疫系統(tǒng)對(duì)多種新抗原產(chǎn)生了反應(yīng)，但疾病仍然在進(jìn)展，這說明存在免疫失敗的機(jī)制。研究人員發(fā)現(xiàn)，患者的肝轉(zhuǎn)移灶免疫細(xì)胞浸潤程度較低，CXCL9 表達(dá)也很低，而 CXCL9 對(duì)于 T 細(xì)胞的招募至關(guān)重要，它的低表達(dá)意味著 T 細(xì)胞難以聚集到腫瘤部位發(fā)揮作用。此外，肝轉(zhuǎn)移灶中免疫抑制性的 M2 巨噬細(xì)胞比例較高，這也會(huì)抑制免疫反應(yīng)。這些因素共同作用，導(dǎo)致了免疫治療的失敗。

與 TRACERx 421 隊(duì)列的微環(huán)境比較

研究人員將該患者的情況與 TRACERx 421 隊(duì)列進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)患者的 RUL 轉(zhuǎn)移灶和發(fā)生 SCLC 轉(zhuǎn)化的肝轉(zhuǎn)移灶的腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞（TIL）分?jǐn)?shù)都很低，免疫細(xì)胞浸潤程度也低于隊(duì)列中的其他 EGFR 突變樣本。而且，肝轉(zhuǎn)移灶中 CD8? T 細(xì)胞比例更低，M2 巨噬細(xì)胞比例更高，這進(jìn)一步說明了肝轉(zhuǎn)移灶的免疫微環(huán)境非常惡劣。

從單活檢中改進(jìn)靶點(diǎn)選擇

研究人員利用 TRACERx 421 隊(duì)列數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn) WGD 之前的突變?cè)诜切〖?xì)胞肺癌（NSCLC）中大多是克隆性的，并且在腫瘤轉(zhuǎn)移過程中更不容易丟失。這意味著，在設(shè)計(jì)疫苗或其他免疫治療方案時(shí)，選擇 WGD 之前的突變作為靶點(diǎn)，可能會(huì)提高治療效果。

克隆驅(qū)動(dòng)事件的時(shí)間

通過對(duì) TRACERx 421 數(shù)據(jù)集的探索，研究人員發(fā)現(xiàn)，在 EGFR 突變的 NSCLC 病例中，EGFR 激活突變大多發(fā)生在 WGD 之前，發(fā)生在 WGD 之后的情況并不常見。這也從側(cè)面說明了像 EGFR ex19del 這種通常與早期肺癌發(fā)展相關(guān)的突變，如果發(fā)生在 WGD 之后，可能更容易作為耐藥機(jī)制而丟失。

綜合上述研究結(jié)果，研究人員得出結(jié)論：在 EGFR TKI 和免疫選擇壓力下，會(huì)出現(xiàn)克隆驅(qū)動(dòng)新抗原的丟失。雖然患者的免疫系統(tǒng)對(duì)疫苗中的新抗原產(chǎn)生了反應(yīng)，但由于腫瘤微環(huán)境惡劣、WGD 之后的新抗原容易丟失等原因，導(dǎo)致疫苗治療未能阻止疾病進(jìn)展。不過，研究也發(fā)現(xiàn)，WGD 之前的突變更有可能代表克隆性變異，在腫瘤轉(zhuǎn)移過程中更穩(wěn)定，是更可靠的免疫治療靶點(diǎn)。

這項(xiàng)研究的意義重大。它通過詳細(xì)的病例研究和數(shù)據(jù)分析，揭示了肺癌在 EGFR TKI 和免疫治療過程中的演變機(jī)制，為理解免疫逃逸和治療失敗提供了重要依據(jù)。同時(shí)，研究結(jié)果還為優(yōu)化肺癌治療策略指明了方向，例如在設(shè)計(jì)疫苗或免疫治療方案時(shí)，可以優(yōu)先選擇 WGD 之前的突變作為靶點(diǎn)，并且結(jié)合改善腫瘤微環(huán)境的方法，有望提高治療效果，為肺癌患者帶來新的希望。